Considerando que o ensino na área de pesquisa clínica é parte da missão do Instituto Nacional de Infectologia (INI) e que a visão de futuro do instituto inclui ser um centro de excelência científica e referência internacional, o curso de Mestrado Profissional em Pesquisa Clínica (MPPC), realizado com o apoio da Sociedade Brasileira de Profissionais em Pesquisa Clínica (SBPPC), tem como objetivo geral desenvolver a capacidade dos alunos através do aprendizado das diferentes habilidades inerentes a pesquisa clínica. O objetivo específico do curso é formar mestres qualificados para atuar nos aspectos técnicos da condução de pesquisas clínicas, aumentando a capacidade da Fiocruze demais servidores das esferas municipais, estaduais ou federais nessa atividade. Nessa perspectiva o curso prioriza o desenvolvimento de projetos que resultem em produtos passíveis de aplicação prática e imediata na melhoria da qualidade dos setores nos quais o aluno desenvolve suas atividades profissionais, de acordo com as chefias imediatas e com a direção das unidades.