O curso de Mestrado Profissional em Pesquisa Clínica tem como objetivo geral desenvolver a capacidade dos alunos através do aprendizado das diferentes habilidades inerentes a pesquisa clínica, na linha de pesquisa de gestão em pesquisa clínica. O objetivo específico do curso é formar mestres qualificados para atuar nos aspectos técnicos da condução de pesquisas em seres humanos, aumentando a capacidade da Fiocruz nessa atividade. Nessa perspectiva o curso prioriza o desenvolvimento de projetos que resultem em produtos passíveis de aplicação prática e imediata na melhoria da qualidade dos setores nos quais o aluno desenvolve suas atividades profissionais, de acordo com as chefias imediatas e com a direção das unidades.